在菲律宾，艾玛博士见到了自己的女儿麦迪逊.罗素。

薇薇安博士告诉艾玛博士最新的攻击事件，并告诉他日本方面发现了一些刻着腓尼基文字的石板，另外，在西伯利亚发现的穆托卵跟一九九九年在菲律宾发现的竟然是一模一样的。

然后一群科学家开始就目前的情况和信息进行讨论，其中有**士，也就是章子怡饰演的角色，艾玛博士、薇薇安博士、芹泽博士。

艾玛博士："在西伯利亚发现的穆托卵跟菲律宾发现的完全相同，虽然两者的地质年代相差很远，另外两者所在地都不是天然巢穴，而是巨型远古哥斯拉类似的泰坦巨兽的尸骨。"

芹泽博士："这会不会是哥斯拉的远古祖先？"

艾玛博士："有可能，不过并不能肯定这点，因为我们对于哥斯拉的生命周期所知甚少。"

薇薇安博士和**士："在日本发现的腓尼基风格的石板，并不一定是东西方文化的交汇产物，其中哥斯拉造型的怪兽很可能是古日本神话中的雷神以及腓尼基神话中的海神达贡的原型，在一个石板上，刻着一群人围绕着一头死去的"达贡"的尸体，而在这个尸体的腹部有两个非常明显的洞孔，看起来，有可能会是由穆托王的产卵管给刺穿的。"

芹泽博士的解释为："穆托王似乎会产卵在'达贡';体内，这些怪兽卵就像寄生虫一样。"

艾玛博士的说法是："这些寄生卵会吸收宿主"达贡"体内的能量，直到最终杀死它。"

艾玛博士最后总结的是，穆托王是袭击旧金山的穆托夫妇的亲族，穆托夫妇是其产下的卵孵出的亚种，它们类似于异形王后和异形的关系，如果当初哥斯拉没有杀死穆托夫妇，最终雌性穆托很可能会杀死雄性穆托变成新的穆托王，又或者雌性穆托会不断繁殖下去，这些后代在消耗完资源之后互相残杀，最后剩下的一个就会变成穆托王。这种泰坦巨兽的生命周期应该在地球历史上已经完成过多次。

史上多次生物大灭绝，人类历史上从东南亚到埃及的全球性黑暗时代等都可能与此有关，但说法未得到佐证。

艾玛博士说她想到了一个对付穆托王的办法，穆托卵在进入泰坦巨兽的体内之后会发出一种声波信号，告诉穆托王自己已经安全寄生，他们可以**这种声波信号，从而扰乱穆托王的行为，这会带给他们优势。而此时他们被通知，穆托王正在葡萄牙的亚速尔群岛活动。

就在准备期间，艾玛博士因劳累过度而短暂晕倒，醒来后见到已经退休的帝王组织成员休斯顿.布鲁克斯，这个角色是《金刚骷髅岛》的主角之一，他劝他不要太拼命，要考虑一下自己的孩子。

塔肯告诉艾玛博士乔纳·艾兰从俄罗斯监狱逃脱了，并询问为什么乔纳·艾兰会对艾玛这么感兴趣，艾玛则回答她也不知道，并说乔纳.艾兰跟他们要做的事情相比根本不重要。

在葡萄牙，艾玛博士吩咐人员播放了人工合成的声波，然而出人意料的，地下的穆托王发怒了，从地下钻出并杀死了大部分执行任务的人。

联合国为这次惨重的伤亡而进行了一次听证会，那些根本就没有了解到事情严重性的高层人士觉得目前最好的方式就是让两大怪兽互斗，希望它们能够互相残杀。但是艾玛博士和芹泽博士则认为，如果哥斯拉被杀死，人类将会失去保护，并且预测穆托王的下一个目标是蒙大拿的退役核潜艇。当然高层人士并不认为哥斯拉是在保护人类。而一直作为监管陪同着艾玛博士的阿瑟顿此时则发言支持艾玛博士，不过最终高层还是决定***，撤离人口，眼睁睁的看着两大怪兽互搏。

听证会之后，艾玛博士想到最后一个办法，她认为穆托王之前之所以会发怒是因为声波是从地上传到地下的，因此在它眼里就是假的。他们应该将声波从地下发出，这样才能假装穆托卵已经进入宿主体内，为此她需要自己使用和前夫马克共同制造的声呐装置"ORCA"来制造强有力的声波来阻止怪兽的行动。

果不其然，穆托王来到蒙大拿，再次遭遇哥斯拉。两者再次进行大战，穆托王处于上风，最后穆托王用一招威力极强的声波攻击将哥斯拉的背鳍全部震碎，并且将其击倒在地，哥斯拉受到重创，奄奄一息。就在穆托王打算再次用产卵管刺穿哥斯拉皮肤的时候，艾玛博士和塔肯及时赶到一个地下设施并打开了"ORCA"，穆托王听到声波之后感到困惑，进而迟疑了一段时间。这时哥斯拉设法将穆托王驮在背上，从被震碎的背鳍处发射出巨大的吐息能量，将穆托王击飞到空中，而后又重重的摔在地上，穆托王受到重创，哥斯拉在其站起来之前，一脚踩碎了穆托王的头颅。

紧接着，在艾玛博士和塔肯的远远注视下，哥斯拉朝天怒吼一声，随即蹒跚地消失在夕阳中，在其受伤的背上，升腾起浓浓的烟柱。

在波士顿，艾玛博士跟自己的女儿麦迪逊一起散步。

艾玛："我再也不会离开你了。这个世界正在改变，一些可怕的事情正在发生，但这是一切能够变好的唯一途径。不论发生什么，我发誓要保护自己女儿的安全。"麦迪逊说："我在电视上看到你了，新闻上说你是个英雄。"

艾玛："没有远古先民的智慧的帮助我是不可能做到的。"

麦迪逊好奇的问："那腓尼基人后来怎样了？"

艾玛："我不知道。不过，不管结局怎么样？那些敢于探索未知的冒险者总是令人敬佩的。"

自此，进入了电影剧情，逃离监狱的艾兰放出了巨兽，四大怪兽苏醒，展开了史无前例的争霸战，在它们面前，人类的力量可以忽略不计。