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据统计，苗医掌握病种有200余种，广泛涉及到内、外、妇、儿、神经、精神、骨伤、皮肤、寄生虫及各种传染病、流行病等，其归类方法自成体系，并具有一定的科学性及规范性。
但因地域不同，方言有别，各地苗族医在疾病命名、证治上有不尽相同之处，有同名异症、同症异名的现象，如：同叫“飞蛾证”，湘西方言的“飞蛾证”其临床表现是发热、鼻翼煽动、咳嗽气急、胸痛等;黔东方言的“飞蛾证”临床表现是发热、扁桃体红肿疼痛等。
又如黔东方言的“雷公证”是头部剧烈疼痛，以戴帽一圈尤甚，而湘西方言之“雷公证”则是以胸痛、咳嗽、吐血等为其主症，“同名异症”者治法迥异。另有“同症异名”者，如同样表现为好食生米、面色萎黄、浮肿乏力的，湘西方言称为“米黄证”，黔东方言称为“黄肿病”;同样表现为口干舌燥、多食多饮、腹胀大而形体消瘦者，有的地方称“鱼肚经”，有的地方称为“水证”，“异名同症”者其治疗方药一般是相同或相似的。
苗医认为毒、亏、伤、积、菌、虫是导致人体生病的六种因素，而这六种因素归根结底都要以毒害力的方式才能致病。产生发冷、口渴、腹痛、出汗、头昏、出血、昏睡、气魄不旺等病征。苗医所讲的病症，多是形象化的病名，如：症、疾、风、痧、惊、翻、仆、经等。病候，是病变症候的简称，也就是疾病出现的症候群。疾病的病候共有17种，即积毒病候、雄毒病候、恶毒病候、疼痛病候、急热病候、急冷病候、内冷病候、火毒病候、泻肚病候、胃弱病候、交环不和病候、亏损病候、风冷气水毒病候、气壅病候、外漏病候、危急病候、混杂病候。
因这六种致病因素，苗医素有“无毒不生病”之说。如常可遇到的风毒、冷毒、火毒、气毒、水毒、盐毒等。诊断疾病是通过把脉、听声、观察颜色、询问病情，用手触、摸、扣、打、刮、按、搬、量等传统方法，观察人体皮肤的颜色，精神的变化，体温、脉搏、呼吸、心跳、血压、语音反射功能等方面的异常，观察身体的汁水、尿液、血气、病原体等致病物以及指纹、舌象、目色、鼻窍、咽喉、耳道、淋巴、筋骨皮肉的形态结构变化等。
在索取到可靠的诊断依据后，就开始整病。整病必须遵循治病原则，如失水的病人，就必须补液；肠梗阻，治疗当用赶毒法而不能用止塞法；心力不足，应当用补心的方法，假若使用退火的药物去治疗，使心力更亏，就会出现血压下降、循环衰竭、脑架失养、本命无依等危急病征。
苗医所称的“两纲”即“冷病热治、热病冷治”，是他们治病的两大法则，具体治法则分内治法和外治法，其外治法尤为丰富，并体现了浓郁的民族特色和治疗特点。
常用治疗法则包括：赶毒法，败毒法，攻毒法，止痛法，冷疗法，热疗法，提火法，退火法，止泻法，健胃法，帮交环法，补体法，表毒法，退气法，止塞法，解危法。这苗医治病的十六大法，是针对十六种病候而立。赶毒法治疗积毒病候，败毒法治疗雄毒病候，攻毒法治疗恶毒病候，止痛法治疗疼痛病候，冷疗法治疗急热病候，热疗法治疗急冷病候，提火法治疗内冷病候，退火法治疗火毒病候，止泻法治疗泻肚病候，健胃法治疗胃弱病候，帮交环法治疗交环不和病候，补体法治疗亏损病候，表毒法治疗风冷气水毒草病候，退气法冶疗气壅病候，止塞法治疗外漏病候，解危法治疗危急病候。
苗医在长期的临床实践中，创造了简便、廉价的治疗方法20余种，其中外治法尤为丰富，并体现了浓郁的民族特色和治疗特点。
放血疗法
用碎瓷片锐端或铁制针具在指（趾）尖、指（趾）甲旁、肘窝、腘窝、人中、舌下青筋等处点刺出血、视病情放一至数滴血。
刮治法
用铜钱（或筷子、麻丝）蘸桐油（或菜油）、药液，在脊柱两侧、胸部肌肉丰厚处，头顶、前额、鼻梁、后项、腹股沟、四肢内侧等处进行刮治，一般是从内向外或从上向下刮，力量适度，刮至该处出现暗红色瘀点或瘀斑即可。亦可用生姜块进行刮治。
爆灯火疗法
用灯草芯浸透桐油或菜油，在灯上点燃后往选定的部位迅捷点灼，可听见轻微的爆炸声，被点处皮肤可见高粱大小的白色焦点。
生姜叭法
医者将适量生姜嚼烂含于口中，以口对准患者穴位用力吸至发红，穴位有百会、印堂、风池、风府、肩井、神阙、涌泉等。
以上四法属于急救疗法，多用于各种突发性急证。
气角疗法
用2～3寸长牛角尖，在尖端锉一小孔，治疗时将角的圆口紧按于患处，医者用嘴从小孔处将角内空气吸出，造成角负压，然后用蜂蜡迅速密封小孔，角即紧附于患处皮肤。主治麻木、疼痛、扭伤等。
滚蛋疗法
有滚生蛋和熟蛋两种。滚生蛋：取生蛋一只洗净晾干，然后用此蛋在前额、胸、背、腹部、手足心等处来回或顺时针滚动，至鸡蛋发热为止，主治热病。滚熟蛋：用治冷病的单药或具有重镇作用的金、银首饰与鸡蛋同煮，蛋熟后将蛋取出稍候，然后用热蛋在患者前额、额角、背部、胸腹部不断滚动，使热力和药力透过皮肤入内达到治疗冷病的目的。
发泡疗法
将毛茛捣绒，取一团如花生米大小包额角或掌面腕横纹中点，有痒痛感即去掉，有水泡发出，可治疗“摆子“、“牙痛“等。
佩戴疗法
将药物装在特制小布袋内，佩戴于身，或直接将药物缝在小儿帽缘上，使药物气味通过口鼻吸入来防治疾病，此法多用于小儿。
熏蒸疗法
可根据病情分全身或局部熏蒸法。
1.全身熏蒸法：在土坎边挖个深洞，洞上架数根粗木棍（能够承受一个成人的重量），木棍下面置一口锅，放入药物加适量水烧开产生蒸气后，将火撤去，然后在木棍上铺垫一层松枝，四周用席或布围住，令病人裸坐其中，头露于外，让药液蒸气熏蒸患者至全身汗出为止。主治全身风湿麻木、疼痛、皮肤病等。
2.局部熏蒸法：用药罐将药煎好后从火上取下，将患处直接放于药罐口，或将药液连渣倒入盆中以药液热气熏蒸患处，主治局部疾患，还有用口鼻对着药罐口熏蒸治疗咳嗽，鼻塞不通等。